Предупреждение выводится в верхней строке окна, если в настройках Frontol (C:\Program Files (x86)\ATOL\Frontol6\ BIN\FrontolIni.exe) и настройках службы FrontolService (C:\Program Files (x86)\ATOL\Frontol6\BIN\FrontolService.exe) прописаны разные базы. Frontol, при таком несоответствии, может работать с ограничениями. Если касса работает, и работает с правильной базой, соответственно нужно прописать эту же БД и во Frontolservice.
Или например, если база сетевая, а на кассовом компьютере c Frontol был запущен FrontolService. В случае использования сетевой базы, FrontolService должен работать только на том компьютере, где находится сама БД, а на кассовых компьютерах, служба должна быть отключена.